Kota purba ini dikatakan lenyap di kawasan Mediterranean sekitar 1200 tahun dahulu. Kota yang diselubungi misteri ini ditelan oleh Laut Mediterranean, tertanam di dalam pasir dan lumpur beribu tahun lamanya. Hasil dari penemuan ini, ahli arkeologi akhirnya berjaya membongkar misteri Heracleion.
Mereka turut mendedahkan artifak-artifak menakjubkan yang masih terpelihara dengan baik dati penemuan itu. Kota ini dikenali sebagai Heracleion oleh orang-orang Yunani purba, dan orang-orang Mesir purba pula menyebut dengan nama Thonis.
Ahli arkeologi, iaitu Dr Franck Goddio dan pasukan dari European Institute for Underwater Acheology (IEASM) menemui kota ini pada tahun 2000. Mereka kemudian melakukan satu kajian geofizik selama empat tahun. Penemuan tersebut bermula di bahagian utara pantai Mesir.
Ciri-ciri yang terdapat pada sejarah, ukiran dan binaan yang terdapat di kota ini hampir menyerupai kota purba Atlantis. Franck Goddio dan kumpulannya mula menjejak semula kota tersebut sebelum menemui bahagian-bahagian kota lama yang berada jauh di dasar laut.
Kumpulan mereka turut menemui 64 bangkai kapal pedagang yang dipercayai menjalankan urus niaga dengan penduduk kota tersebut, syiling emas dan patung-patung gergasi. Runtuhan kota yang hilang itu ditemui 30 kaki di bawah permukaan Laut Mediterranean di Aboukir Bay, berhampiran Alexandria, Mesir.
Mereka berjaya mengeluarkan pelbagai artifak keagamaan di bandar tenggelam itu, termasuk ukiran batu 16 kaki dan batu kapur (Sarcophagi) yang dipercayai mengandungi haiwan mumia. Selain itu, pihaknya melaporkan turut menemui kepingan batu berukir tulis purba Yunani dan Mesir Purba di tapak penemuan kota tersebut.
Sebelum kota Thonis-Heracleion hilang, dikatakan kota ini dibina sekitar muara Sungai Nil. Andaian itu dibuat berdasarkan patung gergasi granit merah Dewa Hapi iaitu dewa Sungai Nil yang dijumpai bersama dengan penemuan kota tersebut. Antara teori lain yang turut dikemukakan termasuklah kenaikan paras air laut dan tragedi bencana alam yang menimpa, menyebabkan kota tersebut terkubur ribuan tahun lamanya.
Pasukan penyelidik Goddio juga berpendapat bahawa berat bangunan besar yang didirikan di atas permukaan tanah liat menyebabkan air masuk dirantau itu, dan mungkin tanah pasir telah menyebabkan sebahagian besar kota itu tenggelam ekoran gempa bumi.
Colossus Ratu Ptolemaic dibuat daripada granit merah berukuran 490 cm dan seberat 4 tan.
Franck Goddio memeriksa batu yang dipenuhi serpihan emas. Sebuah bekas emas Phiale turut dijumpai di kota Thonis-Heracleion.
Patung Gangsa firaun dari dinasti ke-26 turut ditemui di kuil sekitar Amon di Heracleion.
Franck Goddio dan pasukan penyelamnya memeriksa patung firaun. Patung gergasi itu berukuran lebih 5 meter tinggi dibuat dari granit merah.
Franck Goddio dengan tugu bersurat Heracleion yang masih utuh setinggi 1.9 meter.
Lampu minyak Gangsa Hellenistic dari abad ke-2 SM ditemui di kuil Amon.